SA Eesti Antidoping missiooniks on edendada tervislikku ja ausat sporti viies läbi kvaliteetset dopingu kontrolli, erinevatele sihtgruppidele mõeldud anti-dopingualast haridustööd ja anda oma panus rahvusvahelisse anti-dopingualasesse koostöösse. Keskuse töös juhindutakse siseriiklikest ja rahvusvahelistest õiguaktidest ja üldtunnustatud antidopingualastest põhimõtetest.